Село Шеино было основано в XVII веке в период строительства Белгородской засечной черты. В 1800 году в центре села была построена каменная трёхпрестольная церковь во имя Рождества Христова на средства прихожан. Рядом с храмом в XIX веке была возведена сторожка, в которой с 1871 года функционировала церковно-приходская школа. К началу XX века приход насчитывал более 2500 человек.
В 1930-е годы храм был закрыт, здание использовалось как склад. В 1943 году, в ходе боевых действий Великой Отечественной войны, церковь была окончательно разрушена.
28 января 1999 года на сходе жителей села было принято решение о восстановлении православного прихода. Для богослужений было оборудовано сохранившееся здание бывшей церковно-приходской школы. 19 августа 2001 года храм был освящён.