Село Кувакино, изначально известное как деревня Верхняя Ичикса, было переименовано в 1696 году переселенцами из костромского села Кувакино. По другим данным, основание села датируется 1735 годом. До 1764 года местные крестьяне принадлежали Алатырскому Троицкому мужскому монастырю, затем стали экономическими, а позже — государственными и удельными крестьянами. Основными занятиями населения были сельское хозяйство, плотничество, столярное дело, гончарное и бондарное производство.
В 1805 году в селе была построена каменная церковь, освящённая во имя Рождества Иоанна Предтечи. Храм имел два престола: главный (холодный) — во имя святого пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, и в трапезной (тёплый) — во имя Святителя и Чудотворца Николая. Церковь была возведена на средства прихожан и стала центром духовной жизни села.
В 1859 году в селе Кувакино насчитывалось 237 дворов с населением 2019 человек. В этот период при церкви функционировали училище и почтовая станция, что способствовало развитию образования и коммуникаций в регионе.
В 1934 году, в период антирелигиозной политики советского государства, церковь была закрыта, а в 1936 году разграблена и переоборудована под машинно-тракторную станцию (МТС). В 1976 году здание храма было полностью разрушено.
В начале XXI века, с изменением государственной политики в отношении религии, было принято решение о восстановлении храма. Строительство новой деревянной церкви на прежнем месте началось в 2005 году и завершилось в 2008 году. 25 декабря 2008 года епископом Савватием Алатырским, викарием Чебоксарско-Чувашской епархии, было совершено освящение нового храма.
