Строительство церкви было завершено в период между 1786 и 1796 годами на средства местных прихожан.
Архитектурный облик храма выполнен в стиле классицизма, характерном для того времени. Основной объём церкви соединён с трёхъярусной колокольней, что придаёт зданию гармоничность и величественность. Внутреннее пространство храма включает три престола: главный — в честь Рождества Иоанна Предтечи, а также приделы, посвящённые святителю Николаю Чудотворцу и преподобным Зосиме и Савватию Соловецким.
В советский период многие религиозные сооружения подверглись закрытию или перепрофилированию. Однако церковь Рождества Иоанна Предтечи в Иванковице практически не прекращала свою деятельность, продолжая оставаться центром духовной жизни местного населения.
В настоящее время храм является действующим. Богослужения проводятся регулярно, особенно торжественно отмечается престольный праздник — Рождество Иоанна Предтечи, который приходится на 7 июля. В этот день в храме собираются прихожане из окрестных населённых пунктов для совместной молитвы и участия в крестном ходе.