Первоначально на месте нынешнего храма находилась деревянная лютеранская церковь, которая в 1702 году была перестроена в православный храм. В 1776–1779 годах по проекту архитектора Александра Виста был возведен первый каменный храм. В 1822 году этот храм был разобран, и в период с 1826 по 1831 годы под руководством архитектора Александра Штауберта было построено новое здание в стиле классицизм. Этот храм служил гарнизонным тюремным храмом крепости до 1917 года.
В 1917 году храм был закрыт. Во время Великой Отечественной войны здание сильно пострадало от бомбардировок и оказалось в руинированном состоянии. 9 мая 1985 года на месте руин храма был открыт мемориальный комплекс в честь защитников крепости.