Храм во имя святых апостолов Петра и Павла был построен в 1904–1907 годах на территории Шлиссельбургских пороховых заводов. Проект разработан архитектором В.А. Покровским при участии И.Ф. Безпалова. Художественное оформление включало мозаики по эскизам Н.К. Рериха, выполненные мастерской В.А. Фролова. Архитектурный стиль храма сочетает элементы новгородского зодчества с неорусскими традициями, включая полопастное покрытие и уступчатые оконные ниши.
Закладка храма связана с деятельностью «Русского Общества для выделки и продажи пороха», основанного в 1884 году. Земли под строительство завода и храма принадлежали действительному статскому советнику В.А. фон Ренненкампфу. Освящение церкви состоялось в 1907 году. Храм вмещал до 1000 прихожан и был выдержан в древнерусских традициях, с шатровым завершением и декором, вдохновлённым новгородскими памятниками.
В 1931 году Леноблисполком принял постановление о закрытии храма, однако решение было отменено ВЦИК в 1932 году. Окончательно храм прекратил богослужения в 1938 году. В период Великой Отечественной войны, предположительно в 1942–1943 годах, здание было разрушено. Развалины разобраны в конце 1950-х годов. Сохранилась лишь сторожка, признанная объектом культурного наследия.
В 1993 году на сохранившемся фундаменте разрушенного храма было возведено новое здание церкви по проекту В.И. Тонких. Здание сторожки отреставрировано и входит в состав храмового комплекса. Первое богослужение в новом храме совершено 30 октября 1993 года.