В 1827 году, в период активного развития монастыря, над родником около Пещерной церкви был возведен храм во имя святого Иоанна Предтечи. Строительство было обусловлено необходимостью создания дополнительного места для богослужений в связи с увеличением числа паломников, посещавших обитель. Архитектурное решение храма соответствовало традициям того времени, сочетая элементы классицизма и русской православной архитектуры.
После закрытия монастыря в 1927 году храм, как и многие другие религиозные сооружения, был закрыт и использовался для различных хозяйственных нужд. В этот период здание подверглось значительным изменениям, утратив часть своих первоначальных архитектурных элементов.
В 2006 году, в рамках программы по восстановлению исторических и культурных памятников, храм Иоанна Предтечи был отреставрирован и вновь передан Русской Православной Церкви. В ходе реставрационных работ были воссозданы утраченные элементы фасада и интерьера, что позволило вернуть зданию его исторический облик.
