Первое культовое сооружение на месте современного храма было заложено в 1502 году в восточно-прусском городе Тапиау (ныне Гвардейск) как деревянная лютеранская кирха. Здание неоднократно страдало от пожаров: в 1661 году кирха полностью сгорела, была восстановлена, но в 1689 году вновь уничтожена огнём.
Каменное здание кирхи было возведено в 1694 году. В 1764 году проведена реконструкция с расширением нефа с восточной стороны. В 1797 году выполнена комплексная реставрация здания. В 1810 году в кирхе установлен орган, изготовленный местными мастерами.
В 1910 году уроженец Тапиау, художник Ловис Коринт, передал в дар кирхе триптих «Голгофа», который служил алтарным образом. Во время Первой мировой войны произведение было спасено церковнослужителями, но в 1945 году утрачено в ходе боевых действий.
В послевоенный период здание использовалось как складское помещение, в ризнице размещался магазин. К 1980-м годам сооружение находилось в аварийном состоянии. В 1989 году кирха передана Русской Православной Церкви. 15 апреля 1991 года состоялось освящение храма в честь святого пророка Иоанна Предтечи.
В середине 1990-х годов проведена первая реставрация. В 2012-2013 годах выполнены комплексные восстановительные работы в рамках благоустройства площади Победы. 23 марта 2007 года постановлением Правительства Калининградской области №132 зданию присвоен статус объекта культурного наследия регионального значения.
Архитектурно храм представляет собой прямоугольное сооружение размером 32,8×11,7 м с северной пристройкой-ризницей. Башня высотой 30 м увенчана восьмигранной пирамидальной крышей. Исторически в звоннице находились два колокола, отлитые в 1684 и 1840 годах.