Храм Иоанна Предтечи в Азове восходит к древней церкви, существовавшей на этом месте до турецкого завоевания генуэзской фактории Тана (Азак) в 1471 году. Предполагается, что первоначальный храм был построен греками. В 1638 году церковь восстановили казаки, но при оставлении ими Азова в 1642 году она вновь была разорена. Во время взятия Азова русскими войсками в 1696 году храм оказался разрушен.
19 июля 1696 года указом царя Петра I на месте древнего храма был основан Азовский во имя Иоанна Предтечи мужской монастырь. По преданию, в руинах храма Петром I была обретена чудотворная икона святого Иоанна Предтечи, написанная в 1527 году. В 1700 году построена новая церковь святого Иоанна Предтечи, для которой иконостас писали мастера В. Иванов и И. Герасимов. Монастырь стал духовным центром Юга России, а в 1701 году здесь разместилась резиденция митрополита Азовского и Донского.
В 1711 году по Прутскому мирному договору Азов был возвращён Турции, и братия монастыря в декабре 1712 года перешла в Донецкую Успенскую пустынь, куда перенесли и чудотворную икону. После 1917 года местонахождение иконы неизвестно.
В 2009 году учреждено Иоанно-Предтеченское архиерейское подворье. В 2011 году начато строительство нового храма по архивным документам, приуроченное к 370-летию Азовского осадного сидения. С ноября 2012 года ведутся работы по обустройству территории подворья.