Первоначально богослужения проводились в домовой церкви, устроенной в помещении центра. В 2001 году, по благословению архиепископа Костромского и Галичского Александра, было принято решение о строительстве отдельного храма рядом с центром. В том же году состоялась закладка первого камня будущего храма.
В 2002 году строительную площадку посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Он освятил колокола для строящейся колокольни и передал в дар храму икону святителя Амвросия Медиоланского.
К 2005 году основные строительные работы были завершены. 25 декабря 2005 года состоялось малое освящение верхнего храма во имя святого праведного Иоанна Кронштадтского, после чего в нем начались регулярные богослужения.
В последующие годы продолжались работы по внутреннему убранству храма. В 2007 году началось возведение иконостаса и написание икон. В 2008 году был устроен балкон для хоров и завершена отделка алтаря. Параллельно велись работы по благоустройству территории вокруг храма.
Архитектурно храм представляет собой кирпичное однокупольное здание на подклете с колокольней, выполненное в духе классицизма. Он гармонично дополняет комплекс зданий Православного молодежного центра «Ковчег».
