Храм святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова в селе Ивановка Амурской области был заложен одновременно с основанием села в 1864 году. Освящение храма состоялось в 1866 году. В 1867 году по просьбе прихожан святитель Иннокентий (Вениаминов) выделил 1000 рублей на достройку колокольни, приобретение колоколов и церковной утвари. В 1895 году в «Камчатских епархиальных ведомостях» храм впервые упоминается под названием Богородично-Иоанно-Богословский.
При храме действовала церковно-приходская школа, которая в 1899 году получила собственное здание. В феврале 1918 года настоятель храма священник Георгий Паргачевский был зверски замучен. В марте 1919 года село Ивановка было сожжено японскими отрядами, однако храм уцелел. Богослужения в нём продолжались до 1929 года, когда по распоряжению советских властей храм был закрыт и переоборудован под клуб.
В 1930-х годах здание храма использовалось как зернохранилище, библиотека и дом культуры. Купола и колокольня были разрушены. В 1994 году храм был возвращён Русской Православной Церкви. Первое богослужение после долгого перерыва состоялось 21 мая 1994 года в день памяти апостола Иоанна Богослова.
С 1995 года начались работы по восстановлению храма. В 1997 году ему был присвоен статус памятника истории. В 2000 году был установлен малый купол с крестом, а в 2003 году - главный купол с четырёхметровым крестом. В храме сохранилась частица мощей святителя Иннокентия Московского.