Подворье было основано в 1891 году игуменией Таисией (Солоповой) по благословению святого праведного Иоанна Кронштадтского и предназначалось для представительства Леушинского Иоанно-Предтеченского женского монастыря в столице Российской империи.
Архитектурный проект подворья был разработан епархиальным архитектором Николаем Николаевичем Никоновым. Здание выполнено в неорусском стиле, с элементами, вдохновлёнными ярославскими храмами XVII века. Каменный храм был возведён в 1894 году. 21 ноября того же года состоялось освящение главного престола во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Спустя месяц был освящён придел в честь великомученицы Варвары. Третий престол, посвящённый святому Иоанну Кронштадтскому, оставался неосвящённым до 1917 года в ожидании его канонизации.
В храме находилась чтимая Леушинская икона Божией Матери с надписью «Аз есмь с вами, и никтоже на вы». До настоящего времени сохранились росписи в куполе храма. Первым настоятелем храма был протоиерей Иоанн Орнатский, племянник Иоанна Кронштадтского. Для последнего на втором этаже были устроены гостевые покои, где он часто останавливался во время служений. Там же располагалась келья игумении Таисии.
После революции 1917 года Леушинский монастырь был закрыт, и его духовная жизнь переместилась на подворье в Санкт-Петербурге. Под видом приходской церкви подворье фактически продолжало функционировать как женский монастырь. В 1932 году последние монахини были арестованы, а в 1933 году храм был закрыт. Здание было передано различным светским учреждениям, включая психоневрологический диспансер.
В 1995 году митрополит Иоанн (Снычёв) обратился к властям с просьбой о возвращении Леушинского подворья Русской Православной Церкви. В 1999 году была отслужена первая литургия, а в июле 2000 года храм был официально возвращён церкви. С этого времени начались восстановительные работы, включая ремонт исторического алтаря, где 9 октября 2000 года была совершена первая литургия.
