Храм святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова на улице Некрасова в Санкт-Петербурге был построен в 1894 году как подворье Леушинского Иоанно-Предтеченского женского монастыря Новгородской епархии. Участок земли для подворья был приобретен в 1891 году игуменией Таисией (Солоповой) по благословению святого праведного Иоанна Кронштадтского. Архитектурный проект в неорусском стиле разработал Николай Николаевич Никонов, взяв за образец ярославские храмы XVII века.
21 ноября 1894 года состоялось освящение главного престола храма во имя святого апостола Иоанна Богослова. Через месяц был освящен придел в честь великомученицы Варвары. Третий престол, посвященный Иоанну Кронштадтскому, оставался неосвященным до 1917 года в ожидании его канонизации. В храме находился почитаемый образ Божией Матери «Аз есмь с вами, и никтоже на вы» и другие святыни Леушинского монастыря.
После революции 1917 года подворье было преобразовано в приходской храм, однако монашеская жизнь здесь продолжалась до 1931 года. В 1932 году последние монахини были арестованы, а в 1933 году храм закрыт. Здание передано под нужды психоневрологического диспансера. В советский период были утрачены многие элементы внутреннего убранства, хотя росписи в куполе сохранились.
В 1999 году была зарегистрирована приходская община, а в июле 2000 года храм возвращен Русской Православной Церкви. Первое богослужение в историческом алтаре состоялось 9 октября 2000 года. Полностью комплекс зданий подворья был передан храму в 2007 году. С этого времени ведутся работы по восстановлению храмового пространства и возвращению исторического облика.
Архитектурный ансамбль подворья признан памятником федерального значения. В храме сохраняются святыни, связанные с историей Леушинского монастыря, включая выносной крест с мощами святого Иоанна Предтечи и икону Святой Троицы, написанную на древе Мамврийского дуба.