Строительство храма было завершено в 1902 году. Инициаторами возведения выступили коллежский регистратор И.С. Истомин и заштатный протоиерей Семёнов. Храм был построен на средства прихожан и благотворителей. Первоначально здание совмещало функции храма и женской церковно-приходской школы. В 1905 году, по просьбам прихожан, школа была переведена в другое помещение, а на территории церкви была возведена деревянная звонница.
Архитектурный облик храма выполнен в стиле эклектики с элементами русского стиля. Здание представляет собой одноглавую каменную церковь с небольшой трапезной и колокольней. Апсида храма имеет четырехгранную форму. Фасады украшены арочными окнами и декоративными элементами, характерными для русского церковного зодчества.
В 1933 году храм был закрыт, а деревянная звонница демонтирована. В течение последующих десятилетий здание использовалось не по назначению и подвергалось разрушению. В 1993 году здание бывшей Иоанно-Богословской церкви было признано памятником градостроительства и архитектуры регионального значения.
В 1996 году начались восстановительные работы после передачи церкви епархии. В 2002 году состоялось второе освящение храма. В 2007 году была построена новая каменная звонница, а до 2009 года продолжались реставрационные работы по росписи храма.
