Храм был построен в 1903 году на территории имения Бор, принадлежащего княжескому роду Шемякиных, на берегу реки Шелонь. Место для строительства было выбрано не случайно: именно здесь в 1471 году произошла Шелонская битва между новгородцами и войсками московского князя Ивана III.
Инициатором и основным благотворителем строительства выступил князь Василий Иванович Шемякин, занимавший должность главного наблюдателя церковноприходских школ Российской империи при Святейшем Синоде. Его деятельность была направлена на развитие народного образования и укрепление духовных основ общества.
Архитектурно церковь выполнена в русско-византийском стиле, характерном для православных храмов того периода. Здание построено из красного кирпича, что придает ему выразительный облик. Вместе с храмом на церковном дворе было возведено здание воскресной школы, также на средства князя Шемякина.
В 1893 году, до строительства каменного храма, на земле, подаренной Василием Ивановичем, была построена двухклассная церковно-приходская школа с сельскохозяйственными и ремесленными курсами. Освящение школы состоялось 26 сентября того же года, в день престольного праздника Иоанна Богослова. Попечителем школы князь Шемякин оставался до конца своей жизни.
После завершения строительства храма в 1906 году, Василий Иванович реализовал свою идею объединения церковно-приходской школы с приходом, создавая тем самым центр духовного и образовательного развития для местного населения.
В советский период, когда многие религиозные учреждения подвергались закрытию или перепрофилированию, церковь Иоанна Богослова в Велебицах продолжала функционировать. В годы Великой Отечественной войны храм получил повреждения, однако после окончания боевых действий был восстановлен и вновь открыт для богослужений. С тех пор церковь остается действующей, являясь центром духовной жизни для местных жителей.
В 2001 году рядом с церковью был установлен шестиметровый дубовый Поклонный крест в память о Шелонской битве 1471 года. На кресте размещена табличка с надписью: "Жертвам российских лихолетий вечная память. Создателям Единой России вечная благодарность потомков".
