Село Митино было основано в 1768 году крестьянином Осипом Степановичем Козловым, переселившимся из деревни Нижне-Утятской. До 1785 года селение было приписано к Курганской слободе, затем входило в состав Черемуховской волости, а с 1887 по 1923 годы — в Митинскую волость Курганского уезда. С течением времени население села увеличивалось, что обусловило необходимость строительства собственного храма для обеспечения духовного окормления прихожан.
В 1859 году, по плану и фасаду, утвержденным Тобольской губернской строительной комиссией 10 декабря 1858 года, началось строительство первого храма в селе Митино. Строительство велось на средства прихожан и добровольные пожертвования. К 1865 году деревянная церковь на каменном фундаменте с колокольней была завершена и освящена во имя святого пророка Божия Илии. Однако к началу XX века здание обветшало и стало недостаточным для возросшего числа прихожан.
В 1905 году было принято решение о строительстве нового каменного храма, рассчитанного на 500 молящихся. Место для строительства было отведено в 1909 году рядом с существующей деревянной церковью. В 1910 году архитектором А.И. Кошкиным был составлен проект нового храма, а подряд на каменную кладку был передан крестьянину М.Д. Еличеву. Строительство велось под руководством Курганского городского архитектора А.З. Басаргина и под наблюдением Тобольского епархиального архитектора Ф.Э. Кокотта. К 1911 году основные строительные работы были завершены, а к 1914 году храм был оштукатурен изнутри, покрыт железной крышей, установлены купола с золочеными крестами, а в окнах — железные решетки.
В 1914 году был заключен договор с владельцем иконостасной мастерской А.П. Решетниковым на изготовление нового иконостаса. К сентябрю 1916 года работы были завершены: иконостас был выкрашен бирюзовой эмалью с золоченой резьбой и включал 42 иконы на золотом чеканном фоне. 27 декабря 1916 года новый храм был освящен благочинным Курганских городских церквей протоиереем Иоанном Редькиным с благословения архиепископа Тобольского и Сибирского Варнавы.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт. В 1934 году здание использовалось для хранения зерна, а в 1937 году было окончательно закрыто и передано под склад «Заготзерно». Колокольня была снесена, здание храма подверглось разграблению. В последующие годы в нем размещались продовольственный магазин и контора сельпо.
28 марта 1998 года на сельском сходе было принято решение о восстановлении храма. В 1999 году при храме был вновь открыт православный приход. В здании был произведен ремонт, начались регулярные богослужения и совершение треб. В 2013 году был проведен капитальный ремонт и внутренняя реставрация храма: установлены новые окна и двери, открыта ротонда основного купола.
