Первое упоминание о храме в селе Холуницко-Ильинском (ныне Ильинское) относится к 1615 году, когда в дозорной книге Звенигородского упоминаются «пономари села Холуно-Ильинского». В писцовой книге Доможирова 1629 года зафиксировано наличие двух деревянных церквей: теплой Ильи Пророка с приделом Мученицы Параскевы и холодной Георгия Страстотерпца.
В 1745 году по прошению местного духовенства была освящена новопостроенная деревянная Иоанно-Богословская церковь, заменявшая сгоревшую. К 1764 году в селе оставались две деревянные церкви: холодная Ильинская и ветхая теплая Иоанно-Богословская. В 1772 году причт и прихожане получили разрешение Вятской епархии на строительство каменного храма вместо ветхой Иоанно-Богословской церкви.
Каменная церковь строилась с 1772 по 1783 год. В холодном храме был устроен престол во имя Богоявления Господня, освященный 16 июля 1783 года. В теплой части находились два придела: южный - в честь Святого Пророка Ильи (освящен 3 ноября 1775 года) и северный - во имя Святого Духа (освящен 3 июля 1776 года). В 1849 году Свято-Духовский престол был переименован в честь Святой Великомученицы Параскевы.
В 1868 году произошло изменение в наименовании престолов: главный престол в холодной церкви стал Пророко-Ильинским, а бывший Ильинский в теплой церкви - Богоявленским. В 1909 году теплая церковь была полностью перестроена, в ней осталось два престола: южный Богоявленский (освящен 8 ноября 1909 года) и неосвященный северный.
Колокольня храма была построена в начале XIX века. В архитектурном отношении церковь представляет собой образец вятского барокко второй половины XVIII века с характерными полуглавиями, стройным малым восьмериком и богатым декором. Храм является двусветным четвериком с трапезной, расширенной в начале XX века.
В советский период храм был закрыт не позднее 1930-х годов. В здании последовательно размещались школа и склады. Сохранились фрагменты росписей и напольной плитки, находящиеся в плохом состоянии. В 2000-х годах начаты восстановительные работы. Временные богослужения проводятся в одном из приделов.