Строительство храма было завершено в 1670 году на средства княгини Марии Репниной и её сына Иоанна Репнина.По преданию, храм возведён на месте захоронения защитников монастыря, погибших в 1610 году во время осады обители польско-литовскими войсками.
Архитектурно здание представляет собой одноэтажное кирпичное сооружение с четырёхскатной крышей и небольшими окнами с наружными и внутренними откосами, обеспечивающими естественное освещение. Фасады лишены декоративной отделки, что характерно для построек того периода. К храму с западной стороны примыкают больничные палаты, предназначенные для размещения больных. В стене между палатами и храмом устроен слуховой проём с решёткой, позволяющий пациентам участвовать в богослужениях, не покидая своих помещений.
В 1955–1960 годах, при проведении строительных работ на территории монастыря, были обнаружены массовые захоронения, подтверждающие предание о месте погребения защитников обители. В память о них рядом с храмом установлен каменный поклонный крест.
После передачи монастыря Русской Православной Церкви в 1991 году, храм пророка Илии стал первым, в котором возобновились богослужения. 13 апреля 1991 года состоялось его освящение, в престол были положены мощи святителя Харалампия, епископа Магнезийского.
