Храм святителя Митрофана Воронежского в Боровске является частью архитектурного комплекса Пафнутьево-Боровского монастыря, основанного в 1444 году преподобным Пафнутием Боровским. Монастырь был значительным религиозным центром, игравшим важную роль в истории Русской православной церкви. Церковь святителя Митрофана была построена в составе монастырского ансамбля, который формировался на протяжении нескольких столетий.
Святитель Митрофан Воронежский (1623-1703) был первым епископом Воронежской епархии, учрежденной в 1682 году. Его деятельность была направлена на укрепление православия в регионе, борьбу с расколом и развитие церковной инфраструктуры. Храм в его честь в Боровске отражает традиции русского церковного зодчества, характерные для монастырских построек XVI-XVII веков.
В период Смутного времени монастырь подвергся разорению польско-литовскими войсками, но был восстановлен. В XVII веке обитель стала местом заточения видных деятелей старообрядчества, включая протопопа Аввакума и боярыню Морозову. Архитектурный комплекс монастыря включает несколько храмов, среди которых церковь святителя Митрофана Воронежского занимает особое место.
В XIX веке монастырь пережил период упадка в связи с секуляризационной реформой 1764 года, но продолжал функционировать. В советский период, начиная с 1923 года, монастырь был закрыт, а его помещения использовались для различных светских нужд. Реставрационные работы начались в 1960-х годах, а в 1991 году монастырь был возвращен Русской православной церкви.
Церковь святителя Митрофана Воронежского была восстановлена в ходе реставрационных работ, проводившихся во второй половине XX века. Архитектура храма соответствует традиционным канонам православного зодчества, с характерными элементами, такими как купола и колокольня. Храм является частью действующего монастырского комплекса и используется для богослужений.