Каменный храм пророка Божия Илии в погосте Выбуты построен из плитняка в XV веке. Предположительно, на этом месте существовал более древний храм, о чем свидетельствует икона Святого пророка Илии из этой церкви, датируемая XIII веком и хранящаяся в Третьяковской галерее. Архитектура храма характерна для псковской школы зодчества XV-XVI веков: небольшой четырехстолпный одноглавый храм с восьмискатным покрытием и скупым декором.
Первое документальное упоминание о храме содержится в Писцовых книгах 1585-1587 годов. В 1875 году маловместительный холодный придел в честь святителя Николая был перестроен в теплый и увеличен вдвое на средства прихожан. В 1878 году храм посетили Великие князья Сергей Александрович и Павел Александрович.
В 1888 году Псковским археологическим обществом вблизи погоста, на месте, называемом Ольгин камень, сооружена каменная часовня в память 1000-летия Святой княгини Ольги и 900-летия Крещения Руси. В приходе действовали девять часовен и две земские школы. В 1895 году разрешено открытие женской второклассной приходской школы.
В 30-е годы XX века храм был закрыт. В годы Великой Отечественной войны церковь получила повреждения. В 1955-1957 годах проведена реставрация по проекту В.П. Смирнова. В 1993 году перед храмом установлен памятный знак, посвященный Святой Ольге. В 1999 году храм передан Русской Православной Церкви.
Одной из важных святынь храма является список иконы «Илия Пророк в пустыне, с житием», оригинал которой датируется XIII веком. Этот образ - древнейшее из сохранившихся иконописных изображений пророка Илии на Руси и самый ранний из дошедших до нас русских житийных образов.