Приход в селе Маклаки существовал с начала XVIII века и первоначально входил в состав Крутицкой (Сарской и Подонской) епархии. Каменная церковь была построена в 1811–1818 годах на средства помещика села Маклаки, князя Сергея Николаевича Львова. Знаменский храм представляет собой одну из двух сохранившихся реплик снесённого Иосифовского собора города Могилёва, построенного по проекту архитектора Н. А. Львова. Церковь в Маклаках была возведена другим архитектором, переработавшим проект Н. А. Львова. Здание имело двухэтажную трапезную и двойной купол, внутренний из которых украшен деревянной резьбой.
В 1937 году храм был закрыт. Во время Великой Отечественной войны, в ходе боёв за село Маклаки, немецкие солдаты использовали церковь в качестве огневой точки. После окончания войны здание церкви использовалось как склад, в том числе для хранения удобрений.
К началу XXI века храм находился в плохом состоянии. Утрачены колонны портиков, внутри сохранились фрагменты деревянного купола с окнами.
В 2011 году в селе Маклаки началось строительство цементного завода. Инвесторы (Объединение «Мастер») пообещали в течение трёх лет восстановить храм.