Приход в честь иконы Божией Матери «Знамение-Абалацкая» был образован в 1992 году по благословению управляющего Новосибирской епархией. Первоначально богослужения совершались в помещении ЖЭКа, а затем в здании бывшего детского сада на улице Народной, 75. В 1994 году епископом Тихоном (Емельяновым) был освящен закладной камень на месте будущего храма.
Строительство храма велось по проекту архитектора П.А. Чернобровцева в традициях русской храмовой архитектуры XVI-XVII веков. Церковь представляет собой четырёхстолпный пятиглавый храм с тремя нефами. Основной вклад в строительство внес директор Новосибирского завода химконцентратов А.И. Белосохов, в память о котором у стен храма разбит Александровский сквер.
19 мая 1999 года, на праздник Вознесения Господня, была совершена первая литургия в нижнем храме, освященном во имя праведного Иоанна Русского. 10 декабря 1999 года, в престольный праздник, богослужение прошло в верхнем храме. Чин полного освящения храма совершил 25 июля 2000 года епископ Сергий (Соколов). Главный престол освящен в честь Абалакской иконы Божией Матери, особо почитаемой в Сибири.
Абалакская икона, явившаяся в 1636 году в селе Абалак близ Тобольска, стала одной из главных сибирских святынь. В храме находится список этой иконы, относящийся к дореволюционному периоду. В 2017 году в храм на четыре дня привозили старинный чудотворный список Абалакской иконы из Свято-Знаменского монастыря.
При храме действует православная гимназия во имя святых Кирилла и Мефодия, основанная в 1993 году, а также воскресная школа, библиотека и молодежное миссионерское общество. Храм располагает значительным собранием святынь, включая частицы мощей апостола Андрея Первозванного, святителя Николая Чудотворца, преподобного Сергия Радонежского и других угодников Божиих.