В конце 1980-х годов, в период перестройки и возрождения религиозной жизни в СССР, в Новосибирске началось активное строительство новых храмов. Одним из таких проектов стало возведение храма в честь святых апостолов Петра и Павла в Дзержинском районе города. Местом для строительства был выбран участок на проспекте Дзержинского, что обеспечивало удобную доступность для прихожан.
Строительство храма началось в начале 1990-х годов. Проект здания был разработан с учётом традиций русской православной архитектуры, при этом использовались современные строительные технологии. Храм был возведён из кирпича, с центральным куполом и колокольней, что придавало ему величественный облик. Внутреннее убранство оформлено в соответствии с канонами православной церкви, включая иконостас и росписи.
В 1999 году храм был освящён и начал функционировать как приходская церковь. С этого времени в нём регулярно проводятся богослужения, церковные праздники и обряды. Храм стал центром духовной жизни для жителей Дзержинского района и окрестных территорий.
В последующие годы при храме были организованы различные церковные службы и мероприятия. Была открыта воскресная школа для детей и взрослых, где проводятся занятия по изучению основ православной веры и церковной истории. Также при храме действуют благотворительные программы, направленные на помощь нуждающимся.
