В 1982 году в Ханты-Мансийске была организована небольшая православная община, которая первоначально собиралась для молитв в частном доме по улице 8 Марта, 14. К началу 1990-х годов возникла необходимость в создании постоянного места для богослужений. В 1991 году община получила в распоряжение жилой дом по улице Калинина, 61, который был переоборудован под молебный дом. В июне того же года был освящен престол молебного дома, что позволило проводить регулярные богослужения.
В октябре-ноябре 1991 года был заложен бетонный фундамент под строительство нового деревянного храма на территории, прилегающей к молебному дому. Строительство храма началось в марте 1993 года и велось силами прихожан и на средства, собранные местным сообществом. В процессе строительства была организована воскресная школа для обучения основам православной веры.
8 декабря 1995 года деревянный храм в честь иконы Божией Матери «Знамение» был освящен архиепископом Тобольским и Тюменским Димитрием. С этого момента храм стал официальным местом проведения богослужений и центром духовной жизни города. Вначале храм не имел постоянного священника, и богослужения проводились приглашенными священнослужителями. В 1996 году на приход был направлен постоянный священник, что способствовало регулярности служб и укреплению прихода.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание, увенчанное золотым куполом с крестом. Иконостас храма выполнен в традиционном православном стиле и включает несколько рядов икон. На Царских вратах с наружной стороны размещены иконы Благовещения Пресвятой Девы Марии и четырех евангелистов — апостолов Матфея, Марка, Луки и Иоанна. В первом ряду иконостаса установлены иконы Спасителя, Божией Матери, храмовая икона, а также иконы святителя Иоанна Тобольского и мученика Гермогена Тобольского. Второй ряд включает иконы двунадесятых праздников, а третий — Деисус с изображением Господа Вседержителя, Пресвятой Богородицы, Иоанна Крестителя, архангелов, апостолов и святителей. Над Царскими вратами помещена икона Тайной вечери, а верх иконостаса венчает крест.
