Первый деревянный храм в Зеледеево был построен в 1701 году на прибрежной террасе. В 1817 году на том же месте была возведена новая деревянная церковь. В 1902 году, по инициативе прихожан и при поддержке томского купца Петра Вытнова, был построен третий деревянный храм на каменном фундаменте, покрытый железом, окрашенным в зеленый цвет. Строительство велось с 1900 по 1902 годы. Сруб церкви имел каноническое четырехчастное деление: колокольня, трапезная, храм и апсида. Храмовая часть завершалась восьмигранным куполом и соединялась притвором с трехчастной колокольней под шатровой крышей. Трапезная освещалась шестью высокими пятигранными окнами с коваными решетками, а храмовая часть — четырьмя окнами первого этажа.
В советский период храм был закрыт, здание использовалось не по назначению, что привело к его обветшанию. В 1999 году была зарегистрирована местная религиозная организация — Православный приход храма святых мучеников Флора и Лавра деревни Зеледеево Юргинского района Кемеровской области Мариинской епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат).
