Первоначально в селе Малакеево существовал деревянный храм, построенный в 1844 году. Он был освящён в честь святителя Митрофана Воронежского и имел три престола: главный — во имя святителя Митрофана, а также приделы в честь святителя Николая Чудотворца и святого великомученика Георгия Победоносца. Храм служил духовным центром для местных жителей и был обнесён оградой; рядом находилась церковная караулка.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной кампании, храм был закрыт. С колокольни был снят и разбит колокол, а здание использовалось как зернохранилище. Позднее, под давлением населения, храм был вновь открыт для богослужений.
В 1989 году при проведении реставрационных работ деревянный храм сгорел. Сразу же началось строительство нового каменного храма. 1 апреля 1992 года новый храм был построен, а в 1993 году освящён.
В феврале 2013 года был проведён капитальный ремонт храма, включая внутреннюю отделку. С 3 сентября 2013 года начат капитальный наружный ремонт храма.
