В 1844 году в селе Малакеево был возведён деревянный храм, посвящённый святителю Митрофану Воронежскому. Церковь имела три престола: главный — во имя святителя Митрофана, и два придела — во имя святителя Николая Чудотворца и святого великомученика Георгия Победоносца. Архитектурно здание представляло собой классический образец деревянного храмового зодчества того времени, окружённое оградой с прилегающими церковными постройками.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, храм подвергся закрытию. С колокольни был снят и разбит колокол, а само здание использовалось как зернохранилище. Однако, под давлением местных жителей, власти приняли решение вновь открыть церковь для богослужений.
Во время Великой Отечественной войны село Малакеево оказалось в зоне боевых действий. 27 июля 1942 года оно было оккупировано немецко-фашистскими войсками, а 18 января 1943 года освобождено. В этот период храм, вероятно, служил местом духовной поддержки для жителей, переживающих тяготы военного времени.
В 1989 году, при проведении реставрационных работ, деревянное здание храма сгорело. Сразу после этого было принято решение о строительстве нового каменного храма на том же месте. Строительство велось усилиями прихожан и завершилось 1 апреля 1992 года, когда новый храм был освящён и открыт для богослужений. Приход зарегистрирован как местная религиозная организация и входит в состав Валуйской епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат).
Святитель Митрофан Воронежский, в честь которого назван храм, является первым епископом Воронежским, канонизированным в 1832 году. Он известен своей подвижнической жизнью и вкладом в укрепление православной веры в России. Почитание святителя Митрофана особенно распространено в Воронежской и Белгородской областях, где ему посвящены многочисленные храмы и монастыри.