В мае 1997 года казаками Прикамья был основан приход, первоначально именовавшийся Свято-Георгиевским. В ноябре того же года на территории больничного городка 9-й медсанчасти города Перми была открыта часовня в честь святого великомученика и целителя Пантелеимона. Летом 1998 года часовня была значительно расширена и преобразована в больничный храм.
21 сентября 2001 года был заложен деревянный храм в честь святых Царственных страстотерпцев в микрорайоне Нагорный Индустриального района города Перми. Строительство велось на средства прихожан и благотворителей. Первая служба в новом храме, праздничный молебен в честь святых Царственных страстотерпцев, была совершена 17 июля 2002 года. 2 сентября 2002 года была отслужена первая Божественная Литургия, что ознаменовало начало полноценной церковной жизни прихода.
21 февраля 2003 года, согласно указу №47 Преосвященного Иринарха, епископа Пермского и Соликамского, приход святого великомученика Георгия Победоносца был преобразован в приход святых Царственных страстотерпцев. Это изменение отражает стремление к более точному отражению духовной направленности и почитания новомучеников в современной церковной практике.
Архитектурно храм представляет собой деревянное сооружение, выполненное в традиционном русском стиле. На территории прихода была возведена деревянная 20-метровая колокольня. Также на территории прихода был установлен памятник Александру Невскому, посвященный воинам, погибшим в локальных конфликтах.
В 2008 году, при непосредственном участии казачьего прихода святых Царственных страстотерпцев, была возведена часовня «Утоли моя печали» на месте авиакатастрофы «Боинга-737», произошедшей в сентябре того же года. Это событие отражает участие прихода в общественной жизни и стремление к духовной поддержке в трагических обстоятельствах.
В начале 2012 года на территории храма была открыта первая в Перми круглосуточная часовня во имя Архангела Михаила, где все желающие могут помолиться и поставить свечу перед иконой в любое время суток. Это нововведение свидетельствует о стремлении прихода к расширению возможностей для духовной практики и доступности храма для верующих.
