Станица Ахтанизовская была основана в 1794 году черноморскими казаками, прибывшими на Кубань. Первоначально поселение называлось селением Агденизовским, что связано с названием местного лимана «Агдениз». В 1840 году селение получило статус станицы и стало именоваться Ахтанизовской.
8 февраля 1817 года жителям селения было дано разрешение на строительство церкви во имя святых мучеников Бориса и Глеба. Это событие свидетельствует о стремлении местного населения к укреплению духовной жизни и созданию центра религиозного поклонения.
В советский период многие религиозные сооружения подверглись закрытию или разрушению, и церковь Бориса и Глеба в станице Ахтанизовской не стала исключением. Здание храма было утрачено, и на его месте долгое время не было культовых сооружений.
В 2000 году в станице была открыта новая церковь, посвящённая святым мученикам Борису и Глебу. Это событие ознаменовало возрождение духовной жизни в Ахтанизовской и стало важным этапом в восстановлении религиозных традиций.