В 1772 году на левом берегу реки Дон в станице Перекопской была построена деревянная церковь во имя Богоявления Господня. Впоследствии она была разобрана и вновь возведена из дерева, однако в 1785 году и это здание было разобрано. В 1786 году было принято решение о строительстве каменной церкви: в двадцати саженях от места прежнего храма заложили новое здание на каменном фундаменте с колокольней во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Сведения о дальнейшей судьбе этой церкви отсутствуют.
В 1856 году, на пожертвования казаков, вернувшихся с Отечественной войны 1812 года, под руководством архитектора Фёдора Алексеевича Фомина была построена однопрестольная каменная церковь во имя Богоявления Господня с приделом в честь Казанской иконы Божией Матери. Архитектурно храм представляет собой пятиглавый четырёхстолпный крестовокупольный храм на высоком белокаменном цоколе, крестообразный в плане, с полуовальной апсидой и трёхъярусной колокольней, завершающейся четырёхгранным шатром. Главы храма установлены на высокие стройные барабаны; центральный барабан прорезан восемью вытянутыми арочными окнами, тогда как четыре малых барабана глухие и выполняют декоративную функцию. Фасады украшены пучками тосканских полуколонн, опирающихся на высокие постаменты.
Церковь была освящена в честь праздника Богоявления Господня и в память станичников, погибших в боях за освобождение Европы. 19 августа 1878 года был освящён придел во имя Казанской иконы Божией Матери, построенный на средства местного священника Иоанна Попова; придел располагался под колокольней.
В советский период храм не подвергся разрушению и сохранился до наших дней. После распада СССР здесь был образован приход, и богослужения стали совершаться один раз в неделю братией из Кременско-Вознесенского монастыря. Здание храма является памятником архитектуры и охраняется государством.
