История храма восходит к 1804 году, когда в селе Лысые Горы Тамбовской округи была построена деревянная Богоявленская церковь. В тот период селения Селезни как самостоятельного административного пункта не существовало: местность именовалась Солдатской слободой села Лысых Гор. Лишь во второй половине XIX столетия (1850–1860-е годы) в официальных документах стало появляться уточняющее название — «Солдатская слобода, Селезни тож», которое со временем закрепилось как основное. К началу XIX века первоначальная деревянная постройка обветшала, что обусловило необходимость возведения нового, более величественного и долговечного здания.
В 1840 году на средства, завещанные Субочевым и купцом Гнусовым, была построена каменная церковь. Новый храм стал одним из самых замечательных церковных сооружений Тамбовской губернии. В нём было три престола: главный — в честь Богоявления Господня, и придельные — Святой Троицы и святителя Николая Чудотворца.
Архитектурно церковь представляет собой пример эклектики с элементами неовизантийского и русского стилей. Основной объём храма — двухсветный четверик, несущий световую ротонду с четырнадцатью окнами, завершённую невысоким куполом и главкой. С востока к основному объёму примыкают три полукружия алтарной апсиды, с запада — небольшая трапезная и колокольня с высоким шпилем. Малые главки, установленные по углам четверика, и ряд арочных кокошников в завершении ротонды придают храму особую торжественность и нарядность.
В начале XX века, в связи с увеличением числа прихожан и потребностью в расширении пространства для богослужений, храм был расширен. Работы по расширению продолжались с 1899 по 1911 год и завершились освящением обновлённого храма 6 ноября 1911 года.
В 1936 году, в период антирелигиозной политики советской власти, церковь была закрыта и использовалась как зернохранилище. Несмотря на многочисленные просьбы верующих о возвращении храма, только после празднования 1000-летия Крещения Руси в 1989 году церковь была передана общине верующих.
После возвращения храма начались восстановительные работы. Были проведены ремонт кровли, восстановлены северная и южная паперти, проведён газ. Внутри храма сохранён старинный деревянный иконостас. При храме действует воскресная школа, ведётся паломническая работа.