Село Пушкари было основано в 1636 году переселенцами из Пушкарской слободы в период строительства Тамбовской крепости. Первоначально на месте современного храма находилась деревянная церковь, построенная в 1848 году. С течением времени здание обветшало, и в 1901 году на средства прихожан была возведена новая каменная церковь во имя святителя Николая Чудотворца. В храме два престола: главный — в честь святителя Николая Чудотворца и придельный — в честь Сошествия Святого Духа.
Архитектурная композиция храма включает в себя четверик, несущий световой восьмерик, завершённый куполообразной кровлей и луковичной главкой. К основному объёму примыкают три полукружия алтарной апсиды, небольшая трапезная и стройная колокольня с луковичным завершением. Украшением фасадов служат ряды трёхчастных кокошников, полуколонки по граням объёмов, а также арочные кокошники над оконными и входными проёмами, придающие зданию нарядность и величавость.
Приход был открыт в 1848 году. По данным начала XX века, в приходе насчитывалось 412 дворов с населением 2533 человека (1273 мужчины и 1260 женщин), все — великороссы, землевладельцы, имевшие по 3 десятины саженей на душу. В селе действовали церковно-приходская и земская школы, а также церковно-приходское попечительство. Штат храма включал священника, диакона и псаломщика. Причт владел 36 десятинами полевой земли, из которых 3 десятины считались неудобными; земля находилась в одном месте, в двух верстах от церкви. Причтовой капитал составлял 350 рублей, церковный — 1300 рублей.
В советский период храм официально не закрывался, однако использовался как зерносклад. В 1993 году здание, находившееся в изрядно повреждённом состоянии, было возвращено верующим. В период с 1993 по 2003 годы были проведены восстановительные работы: восстановлен купол, перекрыта кровля и отреставрирована колокольня.