История церкви охватывает более 140 лет и отражает ключевые события и изменения, произошедшие в российском обществе.
Строительство каменного храма было завершено в 1878 году. Архитектурные особенности здания соответствуют традициям того времени, однако подробные сведения о проектировщиках и мастерах, участвовавших в его возведении, отсутствуют.
В 1930-е годы, в период проведения антирелигиозной политики, церковь была закрыта. Многие священнослужители подверглись репрессиям, а церковные ценности были изъяты. Однако во время Великой Отечественной войны храм был вновь открыт. Местное население, скрывавшее иконы в период закрытия, вернуло их в церковь, что позволило сохранить значительную часть церковного имущества.
Особое внимание следует уделить деятельности священнослужителей того времени. Один из них, обладая широким кругом навыков, самостоятельно изготовил решетки для звонницы и центральный иконостас, который сохранился до настоящего времени. Эти элементы являются ценными образцами церковного искусства и свидетельствуют о высоком уровне мастерства и преданности делу.
В 1990-е годы была проведена капитальная реконструкция храма. Были обновлены внутренние помещения, восстановлены утраченные элементы декора, а также благоустроена прилегающая территория. В 2008 году церковь отметила свое 130-летие, что стало значимым событием для местной общины и подчеркнуло важность храма в культурной жизни села.
На сегодняшний день церковь Богоявления Господня продолжает функционировать как действующий храм. Она служит духовным центром для жителей села Пены и окрестных населенных пунктов, проводя регулярные богослужения, обряды и культурные мероприятия. Архитектурное оформление храма, включая сохранившийся иконостас и другие элементы интерьера, привлекает внимание как верующих, так и исследователей церковной архитектуры.
