Село, ранее известное как Хотмыжка (Хотмынка), получило современное название после 1917 года.
В 1930-е годы храм подвергся частичному разрушению: были повреждены купол и колокольня. После этого здание использовалось в различных целях: сначала как зернохранилище, затем было переоборудовано под сельский Дом культуры.
В августе 2001 года в селе Нижние Пены был зарегистрирован православный приход во имя святителя Николая. Первоначально богослужения проводились в пристройке к зданию бывшей церкви, где ранее располагался сельский клуб.
В 2011 году, к 100-летию прославления святителя Иоасафа, епископа Белгородского, было принято решение о восстановлении храма. Для проведения реставрационных работ был создан Попечительский совет. В сентябре 2012 года начались реставрационные работы, и 26 декабря того же года состоялось освящение куполов и крестов, которое совершил епископ Губкинский и Грайворонский Софроний. 5 февраля 2013 года были подняты колокола. Реставрация завершилась летом 2013 года.
3 августа 2013 года митрополит Белгородский и Старооскольский Иоанн и епископ Губкинский и Грайворонский Софроний совершили чин освящения восстановленного Свято-Никольского храма и провели в нём Божественную литургию.