Согласно доступным данным, часовня была возведена в XIX веке на средства местных прихожан.Её строительство было обусловлено потребностью жителей села в месте для совершения богослужений и молитвенных собраний.
Архитектурно часовня выполнена в традициях русского зодчества того периода. Здание представляет собой небольшую каменную постройку с одноапсидной структурой и двускатной крышей. Фасады украшены скромным декором, характерным для провинциальных культовых сооружений XIX века. Вход оформлен простым порталом, над которым расположено небольшое окно, обеспечивающее естественное освещение внутреннего пространства.
В период антирелигиозной политики советского государства, особенно в 1930–1940-х годах, многие храмы и часовни на территории Белгородской области подверглись закрытию или разрушению. Однако, по имеющимся сведениям, часовня в селе Самарино избежала значительных разрушений, хотя и не использовалась по прямому назначению. Возможно, здание было переоборудовано под хозяйственные нужды или складские помещения, как это часто происходило с культовыми сооружениями в тот период.
С началом процесса возвращения религиозных свобод в конце 1980-х — начале 1990-х годов, часовня Живоначальной Троицы в Самарино вновь стала использоваться для проведения богослужений. Местные жители и прихожане соседних населённых пунктов приняли активное участие в восстановлении здания, проведении ремонтных работ и благоустройстве прилегающей территории. Были восстановлены утраченные элементы декора, обновлена кровля и проведены внутренние отделочные работы.
В настоящее время часовня Живоначальной Троицы в селе Самарино функционирует как действующий храм, являясь духовным центром для местного населения. Здесь регулярно проводятся богослужения, церковные праздники. Часовня также привлекает внимание исследователей и туристов, интересующихся историей и архитектурой православных храмов Белгородской области.