В начале XV века на территории нынешнего района Борки существовал Богоявленский мужской монастырь, впервые упомянутый в 1410–1420 годах. В сотной грамоте 1557 года монастырь назывался «Царёвым» и принадлежал великому князю Ивану Васильевичу Грозному. В этот период монастырь играл важную роль в оборонительной системе Рязани, входя в цепь форпостов, окружавших город.
В 1619 году монастырь подвергся разгрому в результате набега черкас, что привело к его запустению. В 1681 году он был приписан к Новоиерусалимскому монастырю, а в 1684 году возвращен в ведение Рязанской епархии. Окончательное упразднение монастыря произошло в 1796 году, после чего его храм стал приходской церковью.
Существующее каменное здание Богоявленской церкви было построено в 1673 году при игумене Иринархе. Архитектурно храм выполнен в стиле «узорочье», характерном для того периода. Он представляет собой двухэтажное сооружение с уникальными карнизами, красиво оформленными наличниками и белокаменным порталом, обращенным к южной стороне.
В XVIII веке к храму был пристроен Иоанно-Богословский придел. В 1873 году в основном храме был установлен новый иконостас, а в 1877 году придел был расширен. В 1880 году в нем также был установлен новый иконостас.
В советский период храм был закрыт, его внутреннее убранство разрушено, и здание использовалось под склад. В 1930-х годах колокольня была разрушена, а церковная ограда демонтирована.
17 января 2003 года Богоявленский храм был передан Рязанской епархии как подворье Свято-Троицкого мужского монастыря. После передачи начались восстановительные работы, и 2 февраля 2003 года митрополит Рязанский и Касимовский Симон совершил великое освящение храма и первую Божественную литургию. В 2004 году Богоявленская церковь была преобразована в самостоятельный приход.
В настоящее время храм является действующим и продолжает служить духовным центром для жителей района Борки и города Рязани. Регулярно проводятся богослужения, церковные праздники. В престольный праздник Крещения Господня стало традицией совершать крестный ход и великое освящение воды на близлежащем озере Трубеж, известном как Святое озеро.
