Первоначально на территории Козельска существовала деревянная Богоявленская церковь, построенная в XV веке белопоместными казаками, прибывшими для несения службы в пограничном городе Московского государства. В 1777 году в результате масштабного пожара деревянный храм был уничтожен. На его месте в 1790 году по инициативе местного помещика Я.А. Брюса была возведена каменная церковь с двумя приделами: в честь Рождества Пресвятой Богородицы и Жён-мироносиц. В 1844 году к храму были пристроены трапезная и колокольня. Данный храм был разрушен в середине XX века, предположительно в годы Великой Отечественной войны. На месте утраченного храма установлен памятный крест.
Современный Храм Богоявления Господня в Козельске начал строиться в 2005 году в посёлке Механического завода. Строительство осуществлялось по благословению схиигумена Илия (Ноздрина) на средства предпринимателя Виктора Нусенкиса и других жертвователей. В основу архитектурного проекта был положен план академика Константина Тона, архитектора храма Христа Спасителя в Москве. Храм выполнен в русско-византийском стиле из кирпича, включает в себя трапезную и колокольню. Особенностью является наличие двух уровней: верхнего храма, освящённого в честь Богоявления Господня, и нижнего храма, освящённого в честь 40 Севастийских мучеников.
Первое богослужение в нижнем храме состоялось 5 января 2008 года после его малого освящения. Верхний храм был освящён 15 января 2011 года. 22 марта 2009 года на престольный праздник в храме в честь 40 Севастийских мучеников богослужение возглавил викарий Калужской епархии епископ Людиновский Георгий, который освятил главный купол с крестом храма. 10 июля 2011 года митрополитом Калужским и Боровским были освящены колокола для храма.
С 2008 года при храме действует воскресная школа для взрослых и детей старшего возраста. В 2010 году был открыт центр раннего развития для детей 2–4 лет, который в 2012 году преобразован в детскую воскресную школу для дошкольников. Дети изучают Закон Божий, занимаются пением и прикладным искусством. В подготовке к праздникам Рождества Христова и Пасхи участвуют ученики общеобразовательной школы № 2, расположенной на территории посёлка Механического завода.
