Архитектурно храм представляет собой трёхапсидный четверик на высоком подклете, увенчанный пятью световыми барабанами. С запада и севера его окружают паперти. С востока к северной паперти примыкает одноглавый Казанский придел, а с запада над крыльцом расположена шатровая колокольня. В верхнем храме имелись престолы в честь Богоявления Господня и святителя Леонтия Ростовского, в нижнем — во имя Введения во храм Пресвятой Богородицы и святителя Николая Чудотворца.
В 1745 году в этом храме был крещён будущий адмирал Российского флота Фёдор Фёдорович Ушаков, причисленный к лику святых в 2004 году как праведный воин Феодор. Здесь же ранее, в 1718 году, принял крещение его дядя Иван Ушаков, впоследствии известный как преподобный Фёдор Санаксарский. Вотчина Ушаковых — сельцо Бурнаково — находится в четырёх километрах к востоку от Хопылёва. На погосте Богоявленского храма похоронены родители праведного Фёдора Ушакова — Фёдор Игнатьевич и Параскева Никитична Ушаковы.
В результате секуляризационной реформы 1764 года монастырь был упразднён, а его собор преобразован в приходскую церковь. В 1907 году рядом с Богоявленским храмом была построена церковь во имя святого благоверного князя Александра Невского. В приходе также функционировала церковно-приходская школа.
В начале 1940-х годов Богоявленский храм был закрыт, его внутреннее убранство почти полностью уничтожено. Аналогичная участь постигла и церковь святого благоверного князя Александра Невского.
В 2008 году был создан приход храма Богоявления Господня в селе Хопылёво. В 2017 году по благословению епископа Рыбинского и Романово-Борисоглебского Вениамина и по поручению губернатора Ярославской области Дмитрия Миронова был создан Попечительский совет по восстановлению храмового комплекса, который возглавил Дмитрий Степаненко. В 2018 году началась реставрация церквей.
К настоящему времени оба храма полностью восстановлены. На Архиерейском подворье храма Богоявления Господня образована монашеская община, богослужения совершаются ежедневно. Территория газифицирована, возведены дом церковного причта и келейный корпус, построена асфальтовая дорога к храмам, заложены парковые зоны и аптекарский огород. 14 июля 2024 года чин Великого освящения храма Богоявления Господня совершили митрополит Воскресенский Григорий, митрополит Ставропольский и Невинномысский Кирилл, епископ Рыбинский и Романово-Борисоглебский Вениамин и епископ Костомукшский и Кемский Борис в сослужении многочисленных представителей духовенства Рыбинской епархии.
