Храм Богоявления на Острову был построен в 1701 году на месте бывшего Богоявленского Островского мужского монастыря, основанного в начале XVI века. Монастырь первоначально располагался на острове посреди Волги, но из-за частых затоплений был перенесен на левый берег. В 1764 году в ходе екатерининской секуляризационной реформы монастырь был упразднен, а его главный каменный собор обращен в приходскую церковь.
Архитектура храма относится к ярославской школе зодчества. Здание представляет собой пятиглавый четверик с галереями и колокольней. В храме имеются приделы: Богоявления Господня, Николая Чудотворца, Введения во храм Пресвятой Богородицы, Казанской иконы Божией Матери и Леонтия Ростовского. В 1905-1907 годах рядом был построен зимний храм во имя Александра Невского, образовавший с Богоявленской церковью единый храмовый комплекс.
В феврале 1745 года в храме Богоявления был крещен младенец Федор - будущий адмирал Российского флота Федор Ушаков, что зафиксировано в сохранившихся метрических книгах. Родители адмирала - Федор Игнатьевич и Параскева Никитична Ушаковы - были похоронены на приходском кладбище.
В 1930-х годах храмовый комплекс был закрыт и начал приходить в упадок. Регулярные богослужения возобновились лишь спустя 80 лет. В 2017-2023 годах проведены масштабные реставрационные работы: восстановлены конструкции, фасады, интерьеры, иконостасы и настенные росписи. На прилегающей территории созданы Федоровский сад и аптекарский огород.
С 2017 года храмовый комплекс имеет статус Архиерейского подворья Рыбинской епархии. Богослужения совершаются ежедневно в обоих храмах. В нижнем, зимнем храме Александра Невского службы проходят в холодное время года, в верхнем, летнем Богоявленском храме - в теплое.