Храм Архангела Михаила в городе Ковылкино был возведен в 2005 году на месте, где ранее находилась каменная Никольская церковь, построенная помещиками Араповыми в конце XVIII века. Никольская церковь была разрушена в 1930-е годы, а в советский период на ее уцелевших стенах располагался склад медицинских и химических препаратов.
Строительство нового храма велось на фундаменте конного двора усадьбы Араповых. Архитектурный проект выполнен с элементами византийского стиля и чертами древнерусского зодчества. Храм одноглавый, с трехъярусной колокольней, увенчанной шпилем. Фасад здания оформлен кирпичным орнаментом, а купола позолочены.
Первое богослужение в новом храме состоялось 21 ноября 2005 года. В 2011 году рядом с церковью было построено двухэтажное здание, где разместились трапезная, кухня и классы воскресной школы. На территории храма также обустроена детская игровая площадка.
В храм возвращены исторические иконы, включая образы Христа Спасителя, Божией Матери с младенцем и великомученицы Варвары. Приход первоначально формировался из жителей близлежащего хутора Белинский, но со временем стал духовным центром для всего города.