Инициатива строительства принадлежала частным благотворителям, в частности, Людмиле Ивановне Крюковой, которая профинансировала возведение храма в память о своем сыне, Алексее Калинине.Проектирование здания осуществлялось архитекторами А.Н. Гоношилиным и Ю.А. Григорьевым.
Строительство храма велось в период с 2009 по 2011 годы. Архитектурный облик здания выполнен в традиционном русском православном стиле, с использованием кирпича в качестве основного строительного материала. Храм представляет собой однонефную постройку с центральным куполом, увенчанным православным крестом. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для русской церковной архитектуры. Внутреннее убранство храма включает иконостас, выполненный в традиционном стиле, и росписи с изображениями святых и библейских сцен.
Первое вечернее богослужение в храме состоялось 9 сентября 2011 года. На следующий день, 10 сентября 2011 года, митрополит Оренбургский и Бузулукский Валентин совершил освящение храма и Божественную литургию. С этого времени храм стал действующим и начал выполнять функции духовного центра для пациентов и сотрудников Областной клинической больницы №1.
Храм преподобного Алексия, человека Божия, является третьим больничным храмом, входящим в Социальное благочиние Оренбургской епархии. Он служит местом проведения богослужений, включая Божественную литургию, вечерние службы и таинства, а также предоставляет возможность участия в церковных обрядах для пациентов и медицинского персонала больницы.