Инициатива строительства храма возникла в 2003 году. По благословению митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла началась работа по сбору и оформлению документов для разработки проекта храма. С сентября 2004 года по октябрь 2006 года был утверждён проект и получено разрешение на строительные работы от администрации Калининграда. Осенью 2006 года подготовили строительный участок, вырыли котлован и заложили свайный фундамент. Затем возвели подвальные помещения, цокольный этаж и подключили коммуникации.
19 июля 2008 года митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл освятил закладной камень в основание храма. Первоначально планировалось назвать храм в честь святой мученицы Татианы, покровительницы студентов, учитывая близость к Балтийскому федеральному университету имени И. Канта. Однако при малом освящении храма 16 ноября 2013 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл принял решение назвать храм в честь святого благоверного князя Александра Невского, учитывая расположение храма на улице, носящей его имя.
Архитектурный проект храма разработан архитектором Алексеем Мусиным. Здание представляет собой пятиглавый храм с центральной главой, расположенной на шатре. Основные размеры храма составляют: длина — 38 метров, ширина — 20 метров, высота главного купола — 41 метр.
Внутреннее убранство храма включает иконостас и росписи, выполненные в соответствии с канонами православной церкви. Храм рассчитан на одновременное пребывание около 900 человек, что делает его вторым по величине православным храмом в Калининградской области.
