В 1565 году село Ильинское (ныне Глебово) было пожаловано царём Иваном Грозным Старицкому Успенскому монастырю. Согласно описи монастырских владений 1607 года, село являлось одной из многолюдных и богатых вотчин, включавшей 22 деревни и 11 пустошей. В описной книге 1741 года упоминается о наличии в селе монастырского двора, скотного двора и малой кельи посельского монаха. К 1764 году село Глебово перестало принадлежать монастырю.
Первое упоминание о церкви в селе датируется 1689 годом, когда была построена деревянная церковь. В 1824 году на средства прихожан возведена каменная Богоявленская церковь в стиле позднего классицизма. Здание представляет собой ротонду на четверике, перекрытую полусферическим куполом с декоративной главкой. Ротонда опирается на пилоны, примыкающие к стенам. Северный и южный фасады украшены четырёхколонными белокаменными портиками. В 1825 году была построена трёхъярусная колокольня из кирпича, оштукатуренная с применением белокаменных деталей.
Новый храм имел три престола: главный — во имя Богоявления Господня, правый придел — во имя Пророка Илии, левый придел — во имя святителя Николая. В 1888 году приделы были расширены, а в 1913 году старицким художником Василием Юрловым выполнена живопись в приделах.
В 1892 году в селе открыта церковно-приходская школа со сроком обучения четыре года. Изначально школа размещалась в церковной сторожке, но в 1908 году, благодаря усилиям священника Ильи Плетнёва и церковного старосты Ивана Кузнецова, для неё было построено двухэтажное кирпичное здание. В 1910–1911 учебном году в школе обучался 101 ученик (55 мальчиков и 46 девочек).
В 1936 году Богоявленская церковь была закрыта, и здание использовалось под склад зерна и удобрений, что привело к его частичному разрушению.
В 2007 году община монахинь, ранее входившая в состав Свято-Тихвинского Богородицкого женского монастыря в Оренбургской области, начала восстанавливать храм и обустраивать обитель. По благословению митрополита Тверского и Кашинского Виктора, указом № 09 от 12 января 2013 года было образовано архиерейское подворье Глебова женская пустынь при Богоявленском храме. В апреле 2013 года обитель получила официальную регистрацию.
