До конца XX века в деревне Малеевка не существовало православного храма. Однако в 1994 году, в ответ на активизацию деятельности различных религиозных течений, было принято решение о создании прихода Русской Православной Церкви. Летом того же года началось строительство деревянного храма во имя святителя Филарета, митрополита Московского. Работы велись в сжатые сроки, и к зиме 1994 года здание церкви было возведено. 15 января 1995 года храм был торжественно освящён Патриархом Московским и всея Руси Алексием II в сослужении с епископом Истринским Арсением при большом стечении народа.
Выбор святителя Филарета в качестве небесного покровителя храма был обусловлен его выдающимся вкладом в развитие Русской Православной Церкви в XIX веке. Митрополит Филарет был канонизирован незадолго до постройки храма, на Архиерейском соборе 29 ноября – 2 декабря 1994 года. Филаретовский храм в Малеевке стал одним из первых в России, посвящённых этому святому.
16 июля 1999 года деревянное здание храма было уничтожено пожаром. Огонь вспыхнул в церковном притворе ранним утром и быстро распространился по всей постройке. Прибывшим пожарным удалось сохранить часть здания, однако сруб сильно обгорел и не подлежал восстановлению; почти полностью погибло внутреннее убранство.
После пожара для проведения богослужений на церковном дворе была установлена большая армейская палатка, куда перенесли уцелевшие в алтаре горевшего храма престол и антиминс. Проект восстановления церкви был выполнен под руководством архитектора Игоря Александровича Покровского. Новый деревянный храм с небольшими изменениями повторил проект прежнего, при этом был учтён опыт первых лет службы, и здание сделали более просторным. На Пасху, 30 апреля 2000 года, в восстановленном храме были возобновлены богослужения.
Вокруг храма была обустроена территория, возведена ограда, к зданию пристроен кирпичный притвор. В мае 1999 года на площадке у клуба был отслужен водосвятный молебен с крестным ходом и освящением домов, школы, магазинов. Было освящено также место для будущего храма, подготовительные работы к строительству которого уже начаты.
В настоящее время Филаретовский храм в деревне Малеевка является действующим и продолжает служить духовным центром для местного населения. В нём регулярно проводятся богослужения и церковные обряды. Храм активно участвует в жизни Клинского благочиния, о чём свидетельствуют награды духовенству за служение.
