Первоначально на данном участке находилась деревянная церковь, построенная в 1663 году и освящённая в честь святителей Московских Петра, Алексия, Ионы и Филиппа. В 1739 году на её месте был возведён каменный храм в стиле нарышкинского барокко. Главный престол располагался на втором этаже и был посвящён тем же святителям, а на первом этаже находился тёплый храм во имя святителя Николая Чудотворца.
В 70-х годах XIX века старостой храма был известный казанский архитектор Пётр Иванович Романов. В 1897 году эту должность занял купец Сергей Андреевич Землянов, при котором храм был отремонтирован. К началу XX века приход насчитывал около 80 человек и испытывал материальные трудности, поскольку находился в районе с преимущественно мусульманским населением.
В 1929 году церковь Московских чудотворцев была закрыта, а в 1933 году здание окончательно разрушено. Настоятельский корпус, сохранившийся после сноса храма, долгое время использовался как детский сад.
В 1998 году территория бывшего храма была передана Раифскому мужскому монастырю. К 2000 году началось восстановление религиозных сооружений, включая здание церковно-приходской школы и часовни, которые уцелели после разрушения основного храма.
В настоящее время на этом месте действует подворье Раифского монастыря, включающее часовню в честь Новомучеников и исповедников Церкви Русской. Часовня представляет собой небольшое кирпичное здание с односкатной крышей и небольшим куполом. Архитектурные особенности часовни отражают традиции русского православного зодчества, адаптированные к современным условиям.
