В 1663 году на этом месте была возведена деревянная церковь, освящённая в честь святителей Московских: Петра, Алексия, Ионы и Филиппа. Эта церковь стала одним из первых православных храмов Казани, символизируя укрепление христианства в регионе после присоединения Казанского ханства к Русскому государству.
В 1739 году, учитывая потребности растущего прихода и стремление к более долговечным сооружениям, на месте деревянной церкви был построен каменный храм в стиле нарышкинского барокко. Главный престол нового храма был посвящён тем же святителям Московским, а в нижнем этаже разместился тёплый храм во имя святителя Николая Чудотворца. Архитектура храма сочетала традиционные русские элементы с барочными деталями, что придавало ему особую выразительность.
В XIX веке храм продолжал играть важную роль в духовной жизни города. В 70-х годах этого столетия старостой храма был известный казанский архитектор Пётр Иванович Романов, который внёс значительный вклад в его благоустройство. В 1897 году эту должность занял купец Сергей Андреевич Землянов, при котором был проведён капитальный ремонт здания. Несмотря на материальные трудности, обусловленные расположением храма в районе с преимущественно мусульманским населением, приход оставался активным и сплочённым.
После революции 1917 года и установления советской власти многие религиозные учреждения подверглись репрессиям. В 1929 году храм святителей Московских был закрыт, а в 1933 году здание окончательно разрушено. На его месте были возведены различные хозяйственные постройки, не связанные с религиозной деятельностью.
В конце XX века, с началом процессов возрождения духовной жизни в России, возникла идея восстановления храма на его историческом месте. В 2000 году территория бывшего храма была передана подворью Раифского Богородицкого мужского монастыря. В бывшем здании приходского причта был обустроен храм в честь святых жен-мироносиц, освящённый 2 мая 2001 года. В этом же корпусе разместились различные мастерские, кельи послушников, воскресная школа и трапезная.
В период с 2000 по 2011 год настоятелем подворья являлся игумен Филипп (Сидоров). Благодаря его усилиям на территории прихода был возведён храм в честь новомучеников и исповедников Церкви Русской. Средства на строительство храма пожертвовали благотворители и прихожане. Чин великого освящения новой церкви совершил 10 декабря 2010 года архиепископ Казанский и Татарстанский Анастасий.
