Село Койда было основано в конце XVII — начале XVIII века крестьянами деревни Куи Архангельского уезда, которые были вынуждены покинуть свои родные места из-за постоянных набегов шведов. Первоначально село входило в состав Долгощельского прихода, и в нём имелась часовня в честь святителя Николая. Однако значительное расстояние до приходского храма побудило жителей Койды и соседней деревни Майда обратиться 13 августа 1840 года к Преосвященному Георгию с просьбой о разрешении построить в Койде деревянную церковь во имя святителя Николая и приписать её к Долгощельскому приходу. Разрешение было получено 18 ноября 1843 года, и строительство началось по храмозданной грамоте от 17 декабря того же года. План церкви был составлен архитектором Польманом и одобрен Архангельским губернским строительным отделением. Строительство велось на средства местных жителей, при этом особое усердие проявил крестьянин Иван Петрович Малыгин. В 1850 году был образован самостоятельный приход, а престол во имя святителя Николая был освящён 24 января 1851 года епископом Варлаамом .
Церковь представляла собой деревянное здание на каменном фундаменте, длина и высота которого составляли по 8 саженей, ширина — 2 сажени 2 ¼ аршина. Здание было обшито тёсом, окрашено и покрыто железом. Над папертью располагалась деревянная колокольня, а вся территория была обнесена деревянной оградой. Внутреннее убранство включало иконостас, часть икон которого была приобретена в Соловецком монастыре и Ануфриевском ските. Особо чтимыми были иконы Тихвинской Божией Матери, храмовая икона святителя Николая Чудотворца, преподобной Евдокии, Иоанна Богослова и Алексия, человека Божия. Церковь обладала достаточным количеством богослужебных книг и утвари .
В апреле 1912 года койденские крестьяне-старообрядцы, приемлющие священство Белокриницкой иерархии, в количестве 53 человек обратились в Архангельское губернское правление с ходатайством о разрешении построить в Койде старообрядческий храм во имя святителя Николая Чудотворца за счёт собственных средств. Разрешение было получено в том же году, и в июле 1912 года состоялась закладка храма с участием старообрядческого Ярославско-Архангельского епископа Игнатия. Храм был построен и освящён в 1913 году. Он представлял собой деревянное здание в стиле эклектики .