Инициатором строительства выступил будущий настоятель, иерей Владимир Волошанов.
Строительство часовни было обусловлено потребностью в создании места для проведения отпеваний и поминовений усопших, учитывая значительные размеры кладбища и отсутствие на его территории культовых сооружений. Финансирование строительства осуществлялось за счет пожертвований прихожан и благотворителей.
Архитектурное решение часовни представляет собой традиционный для православных культовых сооружений стиль. Здание выполнено из кирпича, имеет компактные размеры, что соответствует функциональному назначению часовни. Купольное завершение и крест подчеркивают религиозный характер постройки.
Внутреннее убранство часовни отличается скромностью и соответствует каноническим требованиям, предъявляемым к православным культовым сооружениям. Основное внимание уделено созданию атмосферы, способствующей молитве и совершению обрядов.
С момента открытия часовня Иоанна Предтечи стала важным духовным центром для посетителей Южного кладбища. В ней регулярно проводятся отпевания, панихиды и другие богослужения, связанные с христианским поминовением усопших. Часовня функционирует в тесном взаимодействии с местным приходом, обеспечивая духовное окормление верующих.