Село Бисерово, расположенное на берегу Бисеровского озера (также известного как Монастырское), упоминается в исторических документах с начала XVI века как вотчина Спасо-Андроникова и Донского монастырей. Монастырские подворья в этой местности специализировались на рыбной ловле.
По одной из версий, в 1812 году деревянная Богоявленская церковь в Бисерово была осквернена во время Отечественной войны: она была превращена французскими войсками в конюшню и впоследствии сожжена вместе с лошадьми. Согласно другой информации, местные жители изгнали захватчиков из храма и утопили их лошадей в пруду рядом с Бисеровским озером; после этого церковь была разобрана, поскольку после осквернения не подлежала дальнейшему использованию для богослужений. Однако официальные документы свидетельствуют, что решение о возведении нового храма было принято в 1811 году по благословению митрополита Платона.
Каменный Богоявленский храм с колокольней был построен в 1814 году на средства прихожан. Храм имел три престола: летний главный в честь Богоявления Господня и два теплых — в честь Казанской иконы Божией Матери и во имя преподобного Сергия Радонежского.
Архитектурно храм выполнен в стиле классицизма. Он представляет собой однокупольное сооружение с трапезной. Трёхъярусная колокольня была перестроена в 1872 году, что придало ей современный облик.
В XIX веке настоятель Богоявленского храма священник Пётр Алексеевич Никольский открыл церковно-приходскую школу, бесплатный приют для бедных и детей, а также учредил общество трезвости.
В конце 1930-х годов храм был закрыт. В 1989 году Богоявленский храм был возвращён верующим. При храме ведётся активная приходская жизнь, включая социальное служение и образовательные программы.
