Первые упоминания о храме, связанном с монастырём, относятся к 1586-1587 годам. Это была деревянная Ильинская приходская церковь, расположенная в левом углу городского посада Тюмени. В 1620 году при церкви настоятелем Никоном была основана женская монашеская община, что положило начало монастырской жизни на этом месте. Обитель просуществовала в этом статусе до 1765-1767 годов, после чего была преобразована в приходскую Успенскую церковь. За период существования община несколько раз меняла название: Успенская, Ильинская, Алексеевская.
21 июня 1773 года состоялось освящение нового деревянного храма во имя Ветхозаветного Пророка Илии, построенного в полуверсте от прежнего места по благословению епископа Тобольского и Сибирского Варлаама (Петрова). 3 июня 1833 года был заложен фундамент каменного храма во имя Покрова Пресвятой Богородицы и Пророка Илии. Проект в стиле классицизма разработал губернский архитектор Трифонов. 24 апреля 1837 года была освящена каменная двухъярусная колокольня с шестью колоколами.
В 1884 году по благословению епископа Тобольского и Сибирского Василия (Левитова) на средства пароходовладельца Ивана Ивановича Игнатова и прихожан с северной стороны храма был построен новый Покровский придел, а прежний объединён с Ильинским аркой. Освящение нового придела состоялось 5 июля 1886 года. В 1894-1895 годах проведён капитальный ремонт храма с перестройкой главного купола и колокольни в русско-византийском стиле, установкой нового иконостаса в стиле Ренессанса и росписью стен.
25 января 1893 года в приходе открылась церковно-приходская школа, действовавшая до 1918 года. 26 января 1930 года храм был закрыт советской властью, колокольня частично разобрана, кресты и купола сняты. С 1935 года здание использовалось как ломбард, а с 1942 по 2002 год здесь размещался Тюменский ликёро-водочный завод.
13 марта 2002 года Священный Синод удовлетворил прошение об открытии Ильинского женского монастыря в Тюмени. В 2003 году храм был возвращён верующим, проведён ремонт Богородично-Рождественского придела. Первое богослужение состоялось 20-21 сентября 2003 года на праздник Рождества Пресвятой Богородицы. 4 мая 2017 года монастырь переименован в Богородице-Рождественский.