В древности село Никольское входило в состав села Чубарово и называлось Чубарово-Никольское. В 1670-х годах селом Никольское-Чубарово, расположенным на реке Наре, владели сыновья астраханского воеводы Безобразова. В то время в селе существовали два деревянных храма: Никольский и Рождественский.
В 1835 году в Никольском был устроен тёплый придел в честь Рождества Пресвятой Богородицы. В 1870-х годах, по проекту архитектора Н. Н. Васильева, к храму были пристроены трапезная и колокольня, что значительно расширило его архитектурный облик.
Архитектурно храм представляет собой пример эклектики с элементами русского стиля. Основной объём — двусветный четверик с единственной главкой на барабане — соединяется через притвор с небольшой шатровой колокольней. Алтарь храма трёхчастный, пониженный относительно основного четверика. Четверик ориентирован поперечно, перекрыт тремя парусными сводами, что необычно для подобных церквей и представляет собой модификацию схемы, типичной для храмов XIX века.
Фасады церкви строгие, геометричные, с побеленными деталями. Декор не имеет выраженных черт определённого стиля, только членение фасадов карнизами соответствует ордерному принципу. В интерьере церкви сохранились три поставленных в ряд иконостаса, утварь и паникадила 1860-х годов. В иконостасах использованы черты классицизма и русского стиля. Они выполнены из дерева, позолочены, частично с накладной резьбой. Роспись стен и сводов храма авторства Я. Е. Епанечникова 1877 года поновлена в 1960-х годах. Полы в церкви бетонные с добавлением мраморной крошки, на них имеются мозаичные композиции.
В советский период храм был закрыт, основной свод церкви разобран, демонтированы колокольня и церковная ограда. В 1940-е годы был уничтожен и засыпан святой источник.
В 1991 году храм был возвращён Русской Православной Церкви. Община храма ведёт активную работу по восстановлению строений и изучению его истории. При церкви работает воскресная школа для детей. В 2000-е годы источник в Никульском был восстановлен, рядом с ним возведена новая деревянная часовня в честь пророка Ильи.
